Cho đến khi về hưu, Thiếu tướng Huỳnh Nghĩ đã chủ biên 4 công trình cấp Bộ Quốc phòng, xuất bản sáu cuốn sách bao gồm:

• Buôn Mê Thuột - trận đánh lịch sử  (đã dịch ra tiếng Anh)
• Lịch sử Hoài Nhơn, Tam Quan truyền thống đấu tranh Cách mạng
• Chiến dịch Tây Nguyên năm 1975
• Chiến dịch đường 9 Nam Lào năm 1971
• Chiến dịch Plei Me năm 1965
• Chiến dịch Đắc Tô năm 1967.